2005年修订后的《公司法》，放松了政府管制，加大了企业自治空间，企业可以在公司章程中自由约定一些事项，如出资比例与表决权可以适当分离，股东会、董事会、监事会议事规则，股份有限公司的章程可以灵活制定股利的分配办法等。体现了立法的科学性，企业也纷纷顺应发展，将股东、企业的自由意志体现在公司章程中。但在一些地方由于工商登记主管部门保持着过去保守执法的“惯性”，不能及时转变理念，在企业办理注册登记时，仍要求其按照工商部门的公司章程示范文本备案。立法上的先进与执法上的落后，导致很多企业出现了两个版本的公司章程，即工商备案的章程和股东会通过的章程，因章程内容不一致导致的纠纷也屡见不鲜。

案例解析

2007年6月5日，东宇公司与朱树美、刘傲雪等10名自然人召开红木棉公司股东会，通过公司章程（6.5章程）。该章程规定，10名自然人股东总共出资394.3万，股东享有所有权、分配权和表决权；东宇公司以土地使用权出资605.7万，只享有所有权和分配权，放弃表决权。该章程另规定，公司登记事项以公司登记机关核定的为准。

2004年6月8日，红木棉公司全体股东又签署一份公司章程（6.8章程）。该章程规定的各股东的出资比例与6.5章程相同，但规定股东会由股东按照出资比例行使表决权。红木棉公司进行工商备案的章程为6.8章程。

2012年8月，红木棉公司召开股东会，免去朱燕林董事职务，并增补莫业华为董事。东宇公司与刘德金、许梅芳投赞成票，分别占股60.57％ 、3％、1％；李燕鸿、刘志德投弃权票，共占股5.43％，其他股东投反对票。红木棉公司以赞成票超过50％占多数通过决议，并到工商部门办理了变更登记。

投反对票的朱树美等六股东诉至法院，请求撤销股东会决议。南宁市兴宁区法院、南宁市法院均驳回其诉讼请求。

本案的争议焦点在于东宇公司对所持红木棉公司60.57%的股份是否具有表决权。如依6.5章程东宇公司不具有表决权，则该股东会决议未经代表二分之一以上表决权的股东通过；如依6.8章程东宇公司具有表决权，则该股东会决议已经代表二分之一以上表决权的股东通过。

对此问题，法院认为：出资与表决权可以适度分离，股东表决权如何行使可归于公司自治权。6.8章程的签订时间在后，且6.5章程亦规定“公司登记事项以公司登记机关核定的为准”，故6.8章程为红木棉公司各股东***终合意的结果，是当事人的真实意思表示，不违反法律和行政法规的规定，亦未损害他人的利益，应属有效。根据6.8章程，东宇公司出资605.7万元，占注册资本比例60.57％，享有根据出资份额行使表决权的股东权利。因此，本案股东会决议已经过代表二分之一以上表决权的股东通过，六原告要求撤销股东会决议的诉讼请求，法院依法不应予支持。

前事不忘后事之师。为避免未来发生类似败诉，提出如下建议：

一、出资与表决权可以适度分离，因此可以在章程中约定不按照出资比例行使表决权，如公司章程可以约定部分股东放弃行使表决权。

二、股东应特别关注不同章程形成的时间顺序。如股东先按照真实意愿签订了******份章程，后因工商备案等需要又签订了第二份章程，股东应当另行书面约定第二份章程仅为工商备案、对内不代表股东真实意思表示，对内仍应以******份章程为准。

以上关于公司章程不一致时如何适用问题的认定仅限于解决股东之间的纠纷，但针对公司的债权人或第三人，由于债权人或第三人是基于公司工商登记的对外公示效力而与公司发生交易，为保护交易安全，公司不得以股东会通过的章程与工商备案章程不一致为由，从而拒绝履行义务和承担责任。

总之，公司章程是约束公司、股东及董事、监事、高级管理人员的准则，若出现一个公司有“内部章程”和“工商备案”不同版本，且内容相互矛盾的，那么，解决公司内部治理结构、股东之间、董事、监事、高级管理人员之间以及相互之间的关系问题，应当适用股东会表决通过，代表股东真实意思的章程；解决公司对外关系问题，基于保护交易安全的原则，应当适用工商备案的章程。